La Iglesia Presbiteriana tiene sus raíces en la Reforma impulsada primeramente por Lutero en 1517, procurando que el pueblo tenga acceso al conocimiento de la Biblia y luchando contra los abusos de las indulgencias en su tiempo.
Lutero fue un gran hombre de Dios que debió soportar persecución por defender aquellas verdades que encontró en las Sagradas Escrituras. Fue el primero en dar la Biblia al pueblo, haciendo una famosa traducción del texto bíblico al alemán, para que la Biblia no sea propiedad del clero. Lutero proclamó a viva voz que la salvación es por fe, y solamente por fe. Él insistía que la salvación no puede comprarse con dinero, ni con buenas acciones, sino llevando una vida de fe de acuerdo con las Escrituras.
Ya con la reforma en marcha, apareció en escena Juan Calvino. Este teólogo francés, gran estudioso de la Biblia, profundizó las ideas de Lutero invitando a la gente a vivir su fe en su vida cotidiana, fuera de la iglesia, en su inserción en la sociedad.
Además, Calvino se dedicó a organizar y estructurar la teología, escribiendo gran cantidad de comentarios bíblicos y su famosa "Institución de la Religión Cristiana".
Siguiendo la teología calvinista, Juan Knox organizó la Iglesia Presbiteriana en Escocia. La estructura eclesiástica fue desarrollada intentando no dar poder a individuos, sino estableciendo cortes donde todas las decisiones fueran tomadas en grupo y buscando consenso. Esa estructura de gobierno eclesiástico perdura hasta hoy, siendo coherente con la teología predicada.
Esta teología cristiana y su forma de gobierno fueron traídas a la Argentina con la llegada de los escoceses.
En 1806 es el primer registro de la llegada de dos escoceses a estas tierras, y desde entonces hasta 1825 hubo un verdadero aluvión. Se supone que en 1822, ya había unos 1200 escoceses. En 1825 llega un nuevo grupo de 220 escoceses en la goleta Symmetry que se radican en Monte Grande formando una colonia agrícola con los hermanos Parish Robertson. Esta colonia trae en 1826 al primer pastor presbiteriano para atenderlos.
Desde 1828 la colonia fue dispersándose hacia otras localidades y fue necesario en 1829 establecer oficialmente la Iglesia Presbiteriana San Andrés en Argentina, inaugurando la primer capilla en Capital Federal. Al poco tiempo, en 1838, se inauguró también la Escuela San Andrés, que continúa hasta hoy en nivel primario, secundario y universitario.
A partir de 1855 comenzaron a establecerse iglesias en varias localidades, a medida que la comunidad de creyentes crecía. Ese año se inauguró una capilla en Florencio Varela, en 1868 ocurre lo mismo en Jeppener y en 1872 en Chascomús junto al cementerio.
En 1886 la Iglesia Presbiteriana San Andrés recibe su personería jurídica y se aprueban sus estatutos , cumpliendo siempre con abosulamente todos los requisitos gubernamentales.
En años sucesivos, la iglesia seguió creciendo. Se construyó la capilla de Capital Federal, en Avenida Belgrano, donde todavía hoy persiste aunque con modificaciones. También se consagra una capilla en el barrio de Belgrano y en Bahía Blanca.
En 1913 se inaugura una capilla en Temperley. Ese mismo año en Remedios de Escalada y posteriormente en Quilmes y Olivos.
En 1987, después de épocas prósperas y algunas decaídas, se constituye el Presbiterio San Andrés, nucleando todas las iglesias presbiterianas en Argentina y discontinuando ya relaciones formales con la Iglesia de Escocia, aunque provisoriamente fortaleciendo vínculos con la Iglesia Evangélica Presbiteriana de los Estados Unidos. En ese período el Presbiterio San Andrés recibió algunas iglesias más y se abrieron obras misioneras nuevas.
Habiendo transitado un proceso de crecimiento y madurez, la Iglesia Presbiteriana San Andrés hoy ha formalizado su presencia en Argentina y ha creado un cuerpo eclesiástico independiente y nacional, con la visión clara de seguir proclamando el evangelio del Señor Jesucristo en nuestro país.